אחד הנושאים הטעונים ביחסי דת ומדינה חוזר לכותרות: שמונה שנים אחרי שהחליט שר הפנים דאז אלי ישי להסיר את סעיף הלאום מתעודת הזהות, מחליט ישי - שוב בכובעו כשר הפנים - להחזיר אותו. מי שהוציא תעודת זהות בשנים האחרונות נתקל בכמה כוכביות במקום שבו מוזכר סעיף הלאום. ב-2003 החליט ישי על הכוכביות, משום שהתנגד להחלטת בית המשפט דאז לרשום גם גרים ויהודים רפורמים כיהודים, ועל כן העדיף לוותר על הסעיף. ואולם לאחרונה החליט ישי שסעיף הלאום יוחזר בקרוב לתעודת הזהות - על אף שעמדתו לא השתנתה. בסביבתו של ישי מסבירים כי הגיעו אליו פניות רבות מניצולי שואה, שלדבריהם נזקקו לחדש את תעודת הזהות שלהם בשל אובדן או בלאי, אך בתעודה החדשה לא מופיע שהם יהודים - והדבר חורה להם. בנוסף, אנשים רבים הביעו התנגדות לעבור לתעודת זהות חכמה אם לא ייכתב הסעיף "יהודי". בתנועות הרפורמית והקונסרבטיבית הביעו אמש כעס רב על המהלך. "התקנה המדוברת היא תרגיל נוסף מבית מדרשן של המפלגות החרדיות שנועד למנוע הכרה בגיורים רפורמיים וקונסרבטיביים, בניגוד לפסיקת בג"ץ", אמר גלעד קריב מהתנועה הרפורמית. "אנו קוראים לממשלה להורות לשר ישי לחדול מלהבעיר אש וליצור קרע". גם עו"ד יזהר הס, מנכל התנועה המסורתית, הביע התנגדות: "קשה לחשוב על החלטה צינית או מרושעת יותר. במקום לחבק את הגרים, שולח השר ישי מסר של ביזוי והשפלה".
