לא מעט רעש היה סביב התחרויות האולימפיות בנהר הסן עוד לפני תחילתם של המשחקים, כשהכותרת המרכזית היתה רמת הזיהום. הוועדה המארגנת בפריז הבטיחה שהכל תקין, שרת הספורט הצרפתיה אף קפצה למי הנהר כדי להוכיח זאת, אבל בפועל התברר שמדובר בעוד כשל ארגוני חמור.
כשבוע חלף מאז החלו התחרויות בסן, ועל פי הדיווחים התגלה כי שבעה טריאתלטים חלו כתוצאה מהשחייה בנהר שחוצה את פריז. ארבעה מהם אף אושפזו לפחות ללילה אחד באחד מבתי החולים בבירת צרפת, לאחר שחשו ברע ואובחנו כמי שסובלים מבעיה גסטרונומית שהוגדרה כזיהום בבטן.
נבחרת שוויץ למשל, נאלצה להחליף שניים מהמשתתפים בתחרויות לאחר שחלו, ואחד מהם מצא את עצמו מובהל לבית החולים. בנוסף, מתחרים מנורבגיה, שבדיה ובלגיה הגיעו גם הם לחדר המיון, ואחת מהן, הבלגית קלייר מישל, נאלצה לפרוש ברגע האחרון מתחרות הזוגות המעורבים.
מארגני התחרויות אינם מאשרים שמקור הזיהומים מהם סובלים הספורטאים הוא ברמת האיכות הירודה של מי הנהר, למרות שאימונים בסן בוטלו בשל כך עוד לפני תחילת התחרויות בו. כן הודו בפריז כי הגשמים ביום הראשון של האולימפיאדה היו חזקים ממש ופגעו בכל הליך טיהור השפכים מהנהר, בו הושקעו 1.4 מיליארד יורו.
