רגע לפני שהוא עוזב את משרד הביטחון, עשה אהוד ברק את המעשה הנכון: מינה את גדי אייזנקוט לסגן הרמטכ"ל, ובכך גם שיחרר את צה"ל מכבלי פרשת הרפז. זה לא סוד שאייזנקוט היה המועמד המועדף על הרמטכ"ל, בני גנץ, שרצה בו כסגנו כעת, ובעתיד כיורשו. זה לא סוד שברק גרר רגליים, על רקע מעורבותו (העקיפה) של אייזנקוט במסמך שהוליד את פרשת הרפז. כבר כמה חודשים שהמינוי הזה מונח לפתחו, וברק התמהמה; רק כאשר קיבל אייזנקוט חותמת כשרות משפטית מלאה - מהיועץ המשפטי לממשלה, מהפצ"ר, וכמובן ממבקר המדינה - ומשום חששו של ברק להתעמת בענייני מינויים עם עוד רמטכ"ל, ניתן האור הירוק. במינויו של אייזנקוט ישלים גנץ את איוש המטכ"ל "שלו". האלוף אבי מזרחי, שהתמודד על הסגנות, צפוי לפרוש, וכמוהו גם אלוף פיקוד הדרום טל רוסו (מפקד זרוע היבשה סמי תורג'מן מועמד להחליפו). לשר הביטחון החדש תהיה השפעה שולית, אם בכלל, על אופי צמרת צה"ל בשנים הקרובות: תפקידו העיקרי בהקשר הזה יהיה להחזיר לקדמותו את החוק המוזר שקצב לשלוש שנים את תקופת כהונתו של הרמטכ"ל, ולהעמידו מחדש על ארבע שנים. כאשר יפרוש גנץ, בעוד 14 או 26 חודשים, יהיה אייזנקוט המועמד המוביל להחליפו (הסגן היוצא, יאיר נווה, יתמודד מולו). בצמרת כבר יתייצבו האלופים שיכהנו תחתיו, ואשר יובילו את הצבא אחריו - יאיר גולן, אביב כוכבי, ניצן אלון. כולם, בהרמוניה נדירה בצה"ל, מקבלים את מינויו כעת בטבעיות, ורואים בו את מפקדם הבא. בשנים האחרונות קנה לעצמו אייזנקוט שם של קצין חושב, שקול, הגון מאוד. גם כהונתו כראש אגף המבצעים במלחמת לבנון השנייה לא סדקה את ההערכה כלפיו, וכך גם פרשת הרפז - שהוא כמעט והיה מקורבנותיה. מינויו כעת יאפשר לשים איקס גם על הנושא הזה (למעט השלמות ובדיקות מקצועיות, בעיקר במחלקת המבצעים המיוחדים): הפגר הושלך הצידה, החדר אוורר, אפשר לצאת לדרך חדשה.
