במערכת הבחירות המפלגות התאחדו – והציבור התבלבל. בן-גוריון חזר עם רפ"י ונלחם ב"המערך לאחדות פועלי ארץ ישראל" של אשכול. היו קלפיות ונאומים, אבל משהו השתנה: פחות אידיאולוגיה, יותר תעמולה.
ברקע לבחירות לכנסת השישית, שהתקיימו בנובמבר 1965 עמד מאבק אדירים במפא"י. בקיץ 1963 שוב החליט דוד בן-גוריון להתפטר. עיקר העניין היה המאבק בין המנהיג הזקן ומי שכונו "דור הביניים".
בתום מערכת הבחירות התברר כי למרות המאמצים הניכרים שהשקיע בן-גוריון והשקיעו "הצעירים" במפלגה, הצליח דור הביניים להדיח את המנהיג הקשיש בלי שייפגע כוחה של המפלגה.
רפ"י זכתה בבחירות בעשרה מנדטים בלבד, וניצחונו של לוי אשכול היה שלם. כישלון זה הביא לקצו הפוליטי של בן-גוריון, שחדל מעתה ואילך להוות דמות פוליטית בעלת חשיבות.
בן-גוריון פעל במלוא כוחו כדי לערער את מנהיגותו של אשכול, שביקש מצדו לבצר את המפלגה ולהקים "מערך" חדש, איחוד בין מפא"י ובין אחדות העבודה. עילה נוספת למאבק במפלגה הייתה השאלה בדבר דרך החקירה של "הפרשה".
בפברואר התרחש העימות הגדול, בוועידת מפא"י. שרת וגולדה מאיר נשאו נאומים חריפים נגד "הזקן", והגדיל לעשות אשכול בנאום היסטורי שבו דרש להפסיק את העיסוק ב"פרשה" ולהקים את "המערך". אשכול זכה לאמון ובן-גוריון נדחק החוצה והקים את רפ"י, תחנתו האחרונה בפוליטיקה.
העיתונאי אורי אבנרי התמודד בראש המפלגה "העולם הזה -כוח חדש". קריאת המפלגה להכרה בעם הפלשתיני עוררה ביקורת נוקבת ונחשבה לכפירה.
וגם זה קרה השנה
- הפת"ח מבצע פיגוע ראשון.
- סוריה מודיעה כי לכדה את אלי כהן.
- המוסד מחסל את הרברטס צוקורס באורוגווי.
- המרגל הישראלי וולפגנג לוץ נתפס במצרים.
- הסופר עמוס עוז מפרסם קובץ סיפורים ראשון.
- נחנך מגדל שלום מאיר - הגבוה ביותר במזה"ת כולו.
- נחנך מוזיאון ישראל בירושלים.
- מוקמת רשות השידור.
- משה דיין נחקר במשטרה על רקע שוד עתיקות בו היה מעורב.
- הולך לעולמו משה שרת, ראש הממשלה השני של ישראל.