לאחר אישור החוק בקריאה שנייה ושלישית, נשים חרדיות ואנשי אקדמיה בראשות פרופ' יולי תירוש מאוניברסיטת תל אביב עתרו לבג"ץ. לטענתם, הכנסת הרחיבה לתואר שני ושלישי מודל שבג"ץ התיר רק כהסדר חריג ומוגבל לתואר ראשון, והפכה אותו ל"חוק עוקף בג"ץ" המתיר הפרדה לכל דורש וגם מחוץ לכיתות הלימוד.