רבני העיר בני ברק, הרב יצחק אייזק לנדא, הרב שבח צבי רוזנבלט והרב מסעוד בן שמעון, הורו למתפללים כי הם יכולים לקיים מניינים בתוך בית הכנסת, זאת בניגוד להנחיות של משרד הבריאות שאוסרות זאת. במסמך הנחיות לקראת חג שמחת תורה פרסמו הרבנים שורה של דגשים חשובים על מנת למנוע את התפשטות הקורונה, אך יחד עם זאת התירו את התפילות בתוך בתי התפילה.
"כדי שיתאפשר שמירת מרחק ניתן לקיים מנייני הקפות בשילוב של חצרות בית הכנסת ובית הכנסת עצמו, כאשר אלו רואים את אלו ובזה נחשבים כולם לציבור אחד. כשאפשרי, ישנה עדיפות לתפילה במרחב הפתוח", כתבו. גם בנוגע לביצוע קידוש, לא אסרו על קיום ההתקהלות בתוך מבנים. "לכתחילה כדאי להימנע מקידוש בבית המדרש. לעורכים קידוש בבית המדרש יש לקצר בעריכת הקידוש שיהיה רק קידוש ומקום סעודה, ולא ישבו יחד סביב השולחנות באריכות זמן".
מדובר בהנחיות שסותרות לחלוטין את הנחיות משרד הבריאות. מוקדם יותר היום (חמישי) פרסם משרד הבריאות הנחיות מעודכנות לקראת חג שמחת תורה, שיחול מחר בערב (שישי) ובשבת, ובו הבהירו כי חל איסור להתפלל בתוך בית הכנסת וכן לבצע קידושים. התקהלות לתפילה תתאפשר עד 20 אנשים, כשאם יש מספר קבוצות של מתפללים עליהן להיות מרוחקות זו מזו, במרחק של לפחות 20 מטרים זו מזו. בנוגע לקידוש, הם קבעו חד משמעית כי "אין לשבת שבת מרעים לקידוש בבית הכנסת".
רבני העיר בני ברק התיישרו לצד הנחיות משרד הבריאות בכל הנוגע ליתר מנהגי התפילות. "יזהרו לשמור מרחק פיזי אחד מהשני, וכן להקפיד בעטיית כיסוי פה ואף בכל עת שנמצאים בין הציבור". הם לא אסרו על ריקודים באחיזת יד אחד בשני, אך כן המליצו לא לעשות כן. "כדאי להתנהל בריקודים, כשכל אחד רוקד במקומו בלא נתינת יד אחד לשני, ורק אלו שכובדו בהקפה ירקדו מסביב לבימה".
"המתכבדים בהקפה יזהרו שלא להצמיד הפנים למעיל ספר התורה, וכן לאחר החזקת הספר העובר מיד ליד לחטא את הידיים. יזהרו מלנשק ספר התורה בפה אלא ינשקו באוויר מרחוק. והעולה לתורה הנוגע בספר יחטא ידיו לאחר העליה". בכל הנוגע לעליית 'כל הנערים' הורו הרבנים שלא לעשות את העלייה של כל הילדים יחד, אלא "יכסה כל אב את בניו בטלית בעומדו על מקומו, ויאמר עמו את ברכות התורה, ולא יצטופפו יחדיו סביב הבימה".