הסניגור הציבורי הראשי, ד"ר יואב ספיר, דורש מהיועץ המשפטי לממשלה יהודה וינשטיין להורות למשטרה לפתוח בחקירה פלילית נגד פרופ' יהודה היס והמכון הלאומי לרפואה משפטית, בשל חשש להעלמת איברים ולשיבוש הליכי משפט. זאת לאחר שהתגלה לאחרונה כי בין כותלי המכון נותרו חלק מהרקמות מאיבריו של התינוק רון אייזן, שאביו דניס אייזן הורשע בהריגתו - אף שבמשך שנים נטען כי איברים אלה נקברו. מדובר במוחו של התינוק שנשמר בשלמותו וברקמות מאיברים נוספים, לרבות הלב, שהתגלו 12 שנה לאחר נתיחתו של התינוק במכון. הסניגוריה הציבורית מבקשת גם חקירה משמעתית ומינהלית בפרשה זו, והיא מתכוונת גם להעביר למבקר המדינה פנייה בעניין זה כדי שיבדוק את התנהלות המכון בפרשה. דניס אייזן הואשם בבית המשפט המחוזי בתל אביב בהריגת בנו התינוק, שנמצא בפברואר 2000 במיטתו ללא רוח חיים. הרשעתו התבססה בעיקרה על חוות דעת שכתב פרופ' היס, אז ראש המכון לרפואה משפטית, שקבע כי המוות נגרם כתוצאה משבר בגולגולת. אייזן, שהיה האחרון ששהה במחיצת בנו התינוק, הורשע בהריגתו ונגזרו עליו 20 שנות מאסר. בהמשך הופחת עונשו ל-14 שנות מאסר. אייזן, הטוען לחפותו, פנה בשנת 2003 לסניגוריה הציבורית וביקש שתייצג אותו בבקשה למשפט חוזר. כבר בראשית הבדיקה למשפט חוזר פנתה הסניגוריה למכון לרפואה משפטית וביקשה לבדוק אילו ראיות נותרו בין כותלי המכון מנתיחת התינוק. היא נענתה כי אין במכון רקמות ואיברים נוספים של התינוק. בתום המשפט החוזר הורשע דניס אייזן בבית המשפט המחוזי בבאר שבע במסגרת הסדר טיעון. הוא הודה בעבירה מופחתת של הריגה בקלות דעת, ושוחרר ממאסרו לאחר שכבר ריצה חלק ממנו. בפנייתו של הסניגור הציבורי הראשי ליועץ המשפטי לממשלה הוא מציין כי "החלטתו של אייזן להסכים להסדר הטיעון המוצע התבססה, בין השאר, על ניתוח חומר הראיות הקיים, ולו היה ידוע על קיומן של הרקמות היה עומד על עריכת בדיקות נוספות במטרה להוכיח פוזיטיבית את חפותו". לדבריו, "בדיקה מקיפה של המוח ושל רקמות הלב היתה עשויה לשנות לחלוטין את מהלכו של ההליך המשפטי. ברור כי התנהלות המכון במקרה זה פגעה באופן חמור גם באינטרס הציבורי בבירור האמת ובהשגת משפט צדק". ממשרד הבריאות נמסר כי "המכון לרפואה משפטית ישתף פעולה עם כל חקירה".
