בחודש יוני האחרון התרחש דיון סוער בנוגע לפשיעה לאומנית ביו"ש, בין אלוף פיקוד מרכז יהודה פוקס לבין מפקד ימ"ר ש"י ניצב משנה אבישי מועלם. כזכור,הדיון גלש לעימות ולצעקות. בממשלה משוכנעים כי קרב הצעקות הוא שהוביל לחקירה נגד נצ"מ אבישי מועלם - אשר חשוד כי נהג להתעלם במכוון ממידע מודיעיני הנוגע לפעילי ימין קיצוניים ולאירועי טרור יהודי ולהימנע מביצוע מעצרים.

הדיון הסוער שאירע ביוני האחרון עורר גם את תגובתו של ראש הממשלה בנימין נתניהו, אשר התערב בניסיון להרגיע את הרוחות.

בדיון גרס פוקס כי ישנה עליה משמעותית באירועי פשיעה לאומנית, עמדה שאותה גיבה ראש החטיבה היהודית. מועלם, מצדו, שלף נתונים שהוכיחו ירידה בתופעה והבהיר כי ימ"ר ש"י נועד לטיפול בעבירות מסכנות חיים, שרובן המוחלט נעשות בידי מחבלים פלשתינים.

בשלב מסויים הרוחות התלהטו, כשפוקס הביע זלזול מופגן ביכולות החקירה של ימ"ר ש"י ואמר "כן כן, אנחנו יודעים איך אתה חוקר". מועלם מצדו טען כי התיקים מלווים בפרקליטות המדינה ונחקרים בצורה הישרה ביותר. "אם יש לך טענות בנוגע לחקירה", אמר, "כנראה יש לך טענות על הפרקליטות".

חשד שנמנע מביצוע פעולות משטרתיות נגד חשודים יהודים בפעילות לאומנית

על פי פרסומים, עיקר החשד כלפי מועלם הינו שנמנע מביצוע פעולות משטרתיות נגד חשודים יהודים בפעילות לאומנית, במטרה לקבל קידום מהשר לביטחון לאומי איתמר בן גביר.

בן גביר עצמו, לאחר שהותר לפרסום כי מועלם נחקר, פרסם הודעת תמיכה בו: "נצ"מ אבישי מועלם, מפקד ימ"ר ש"י, פעל כפי שראוי - שם את ביטחון המתיישבים ביהודה ושומרון בראש סדר העדיפויות, והתמקד במאבק בטרור הערבי במקום לרדוף ולהתנכל לנערים עם טושים. מועלם יישם את המדיניות שלי, ובשל כך נעצר. זה כנראה מפריע ליועמ"שית, ולכן היא בחרה לעצור אותו ולהשליך אותו לחדר החקירות כאחרון העבריינים".