הרב יצחק יוסף מתח ביקורת על השר איתמר בן גביר בשל עליותיו להר הבית, וקרא שלא להעניק לו תמיכה פוליטית. לדברי הרב, בן גביר פועל בניגוד לעמדת הרבנים ומושך צעירים באמצעות סיסמאות. בנוסף, קרא הרב לתמוך במפלגת ש"ס, שלדבריו היא התנועה היחידה ששומרת על המסורת במדינה.