היועצת המשפטית לממשלה טענה בתגובתה לבג"ץ כי קיימים קשיים משפטיים משמעותיים במינוי רומן גופמן לראש המוסד, בעקבות קביעות ועדת גרוניס בפרשת הפעלת אורי אלמקייס. בתגובה הודגש כי בעניינו של גופמן נקבע קיומו של "פגם ערכי-מוסרי משמעותי", גם אם לא ידע שמדובר בקטין בעת הפעלתו.